2-1 ВОЗВРАЩЕНИЕ
Прошло полгода с того момента, как Никита покинула Первый отдел. Ничего не предвещает ее возвращения в организацию. Но во время работы ее неожиданно захватывают члены террористической организации Лига Свободы, чтобы в дальнейшем использовать в качестве приманки для Отдела. Никите удается сбежать из плена и даже помочь попавшему в засаду Майклу остаться в живых... В тайне от других Майкл и Никита встречаются... Именно тогда Никита, уставшая от того, что ей постоянно приходится скрываться, высказывает желание вернуться в Отдел. Майкл разрабатывает план, по которому выходит, что Никита якобы полгода была в плену у Лиги Свободы и что ее удалось только что освободить. Девушка снова в Отделе, но истинное положение вещей может в любой момент раскрыться...

2-2 ОСОБЫЙ ОТДЕЛ
Никита должна войти в форму после "полугодового плена". Для этой цели ей назначается наставник - Юрген, работающий в специальном отделе организации. Становится ясно, что задача Юргена не только натреннировать Никиту, но и узнать о ее жизни вне отдела... В это же время Первый отдел захватывает в плен члена Лиги Свободы - организации, которая держала Никиту несколько дней в плену. Этот человек, Кудрин, может выдасть девушку, сказав, сколько она пробыла у них. Задача Макйла и Никиты становится вдвойне сложной - Майклу надо заставить Кудрина солгать, а Никите попытаться убедить Юргена в своей правоте. Несмотря на то, что Юрген догадался обо всем, он неожиданно защищает девушку перед Отделом... Майкл и Никита - вне подозрений. Но Юрген теперь получает власть над ними..

2-3 ТРЕТИЙ ЛИШНИЙ
Беркоф обнаруживает, что кажущиеся случайными серии террористических актов на самом деле совершены спецподразделением наемников "Хиликс". Внедрившийся в "Красную команду" оперативник за несколько часов до смерти успевает передать, что эта организация договорилась с наемниками о проведении следующего террористического акта - уничтожения химического завода в Триполе. Первый отдел начинает операцию против них... Никита заканчивает курс переподготовки и вновь становится полноправным членом Первого отдела. Ее включают в команду для проведения миссии по обезвреживанию "Хиликса", руководителем которой является Майкл. Неожиданно Юрген начинает проявлять к Никите повышенный интерес, что беспокоит Майкла. Он убежден, что Юрген манипулирует девушкой, что может привести к ее гибели... Более того, в ходе одного из этапов проведения операции против "Хиликса" Майкл дает задание команде Юргена, которое по мнению последнего приводит к напрасной гибели людей. Это становится последней каплей в противостоянии Юргена и Майкла. Они начинают драку... Несмотря на то, что на последнем этапе операции против "Хиликса" Майкл спасает жизнь Юргену, Никита предпочитает живое общение с Юргеном холодным словам Майкла...

2-4 ПРИБЛИЖЕНИЕ К НУЛЮ
Никита замечает, что Юрген пользуется в Отделе большей свободой, чем любой другой оперативник и это еще больше привлекает ее. Девушка продолжает проводить все больше времени с ним, несмотря на недовольство Майкла. Никита и Юрген становятся все ближе друг к другу... К сожалению Никита стала невольной пешкой в борьбе между Юргеном и Отделом, что может плохо закончиться не только для Юргена, но и для Никиты... Все становится ясным лишь в конце, когда сотрудники Первого отдела при помощи датчика, закрепленного на теле ничего не подозревающей Никиты взламывают защиту дома Юргена и стирают компромат на Первый отдел, благодаря которому и позволялось Юргену вести себя свободнее других. Хорошо понимая, что так, как все остальные, Юрген в Отделе жить не сможет, на следующем задании он предпочитает умереть..

2-5 НОВАЯ ВЛАСТЬ
Один из оперативников Отдела неожиданно стреляет в Шефа во время брифинга. Пока Шеф не в состоянии руководить Отделом из-за серьезного ранения, на его место назначается Эгран Петросян (с ним мы уже встречались в серии Спасение первого сезона). Он назначает Никиту своим ближайшим помощником. Несмотря на предупреждения Мэдлин, Никита верит, что Петросян - наиболее подходящая персона для руководства Отделом. Между тем Шеф поправляется. А это значит, что вскоре все снова станет по-старому. Никите надо выбирать - либо вновь стать рядовым оперативником под руководством Шефа, либо наслаждаться свободой, будучи помощником Петросяна. Но для второго варианта Шефа надо убрать... Моральные принципы не позволяют девушке остаться на стороне Петросяна. И его попытка убрать Шефа проваливается.

2-6 ОДИНОЧНЫЙ ПОИСК
Майкла посылают убить обманувшего Отдел поставщика оружия. Но террористу удается перехватить канал передачи приказов оперативнику и направить его по ложному следу. Поняв, что приказы исходят не от Шефа и думая, что сам Отдел захвачен, Майкл переходит в режим "одиночного поиска" - ситуация, в которой он должен, не доверяя никому, выполнить миссию любой ценой. К сожалению, поставщик оружия похищает Мэдлин и Шеф решает, что единственный путь спасти ее - это остановить Майкла любой ценой, даже убив его в случае необходимости. Для этой цели он посылает отряд на базу террориста... Тем не менее у Никиты другие планы... Девушка находит Майкла и пытается ему разъяснить ситуацию, но Майкл ей не верит. Для Никиты остается один путь - найти Мэдлин раньше, чем другие оперативники попытаются убить Майкла... Проникнув в дом террориста и найдя Мэдлин, Никита успевает передать Шефу, что та в безопасности, чтобы Шеф отменил приказ об охоте на Майкла...

2-7 ЧАСТЬ ЖИЗНИ
Первый отдел должен остановить террористов, которые заминировали школьный двор. В процессе операции Никита начинает замечать, что Майкл знает о бомбе больше, чем другие. Когда Никита спрашивает его об этом, он уклоняется от ответа. Но девушка видит, что он о чем-то умалчивает... На следующий день она прокрадывается за Майклом и видит, что тот встречается со своим давним знакомым Рене, тем человеком, который изготовил бомбу. Еще студентами Майкл и Рене входили в террористическую организацию. И сейчас их пути вновь пересеклись... Теперь Майклу придется выбирать между дружбой и Первым отделом...

2-8 Я ВИЖУ СКВОЗЬ ТЬМУ
Первый отдел посылает Никиту и Майкла на Балканы убить Родована Лука, покупателя оружия для мятежников, которые проводят компанию этнической чистки. Когда оперативники приезжают в страну, они обнаруживают двух потерянных детей и Никита уговаривает Майкла защитить их. Но беспокойство за безопасность детей отвлекает Никиту от возможности убить Люка. Теперь, чтобы завершить операцию, Майклу и Никите придется внедриться в ряды повстанцев и приложить гораздо больше усилий, чем предполагалось вначале.

2-9 ОТКРЫТОЕ СЕРДЦЕ
Террористическая группировка "Красная Ячейка" создала очень опасную бомбу. Чтобы узнать ее цель, Никита должна войти в доверие к одной из оперативниц этой террористической организации, Дженне, которая в данный момент находится в иностранной тюрьме за наркотики. Никита попадает в тюрьму и уговаривает террористку убежать вместе с ней по подземным туннелям... Но все это делается только с одной единственной целью - доставить ее в Первый отдел для допроса.

2-10 ПЕРВОЕ ЗАДАНИЕ
Из-за нехватки оперативников, Никиту назначают руководителем группы на три года раньше срока. С этого момента она отвечает за все аспекты миссии: выбор оперативников, планирование и успешное выполнение задания. Ее задача - захватить дилера комплектующих ядерного оружия. Эта миссия более опасна, чем всегда. Кроме того, одна из оперативниц команды Никиты, Вискано, игнорирует приказы и ведет себя непослушно. Никита должна найти способ контроля над ней или подвергнуть миссию риску провала.Команде Никиты удается успешно выполнить миссию, но Вискано погибает...

2-11 СТРАНСТВУЮЩИЙ МЕДИУМ
Первый отдел уверен, что лидер террористической группы, который находится в тюрьме, руководит готовящейся атакой через своего адвоката, Армела. Никита и Майкл вынуждены изображать супружескую пару, чтобы войти в доверие к Армелу и убедить его, что Никита - медиум. Поверивший им Армел похищает Никиту, чтобы она вошла в контакт с его погибшим сыном. В ходе операции Никита начинает понимать, что ребенок жив и его держат в Отделе.